Tale colore, nei fiori, è determinato da alcuni pigmenti, in particolare i carotenoidi (ad esempio varie miscele di carotenoidi producono il colore delle infiorescenze di Calendula officinalis che può variare dal giallo all’arancione) e i flavonoidi gialli (i calconi e gli auroni).

I carotenoidi sono pigmenti idrofobici liposolubili, che vengono sintetizzati e conservati nei cromoplasti, plastidi specializzati differenziatisi da cloroplasti, mentre i flavonoidi sono generalmente solubili in acqua e sono conservati nel vacuolo delle cellule vegetali.